在過濾時，首先在過濾盤上形成硅藻土預涂層。被過濾的液體經硅藻土預涂層時，其中的雜質即被阻擋；而純凈的液體經過微觀管狀或片狀的間隙以及顆粒之間的間隙通過過濾層，從而起到過濾作用。隨過濾時間的推移，在預涂層上被濾掉的雜質會越來越多，且將阻塞過濾通道。因此在過濾過程中，還需對進入過濾罐的被過濾的液體，通過硅藻土添加泵即隔膜式計量泵添加一定劑量相應粒度的硅藻土，以維持正常的過濾過程。另外，如果在過濾時需要脫色，還需加入一定比例的活性炭。

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